Управляемый игроком главный герой Kunoichi Trainer. Его имя выбирает игрок. Он работает с Хокаге, изучает и использует техники превращения и постепенно оказывается вовлечён в сюжетные ветки других персонажей.
Основной сюжет знакомит с его ролью и открывает многие системы и ветки персонажей.